2001년 전남과 남도지역의 역사, 문화, 철학 등 지역 인문학 연구를 위하여 설립되었다. 지역의 역사는 세계와 국가, 중앙과 지역, 지역과 지역 사이의 ‘관계맺음’으로 성장, 발전해 왔다. 인문학술원은 인문학 연구를 통하여 다면적으로 전개된 지역의 정체성을 확립하는 동시에 세계화와 탈경계화라는 세계적 흐름에 적극적으로 대처하면서 인문학의 대중화 및 사회적 확산에도 노력하고 있다. 인문학술원은 지난 17년간에 걸친 노력에 힘입어 2017년 9월 ‘아시아-태평양전쟁과 한국전쟁의 역사·문화효과’라는 아젠다로 교육부지원 대학중점연구소에 선정되었다. 이를 바탕으로 인문학술원은 종교역사문화센터, 지역인문교육센터 등을 설립하여 전남과 남도지역의 연구와 교육의 메카로 자리잡아가기 위해 노력하고 있다.